Susan Tyler, giovane scienziata, e suo marito Peter, del centro per il controllo malattie infettive di New York, hanno debellato una minaccia epidemica che incombeva su migliaia di bambini. Susan aveva combinato il DNA di diverse specie, creando un nuovo antigene chiamato 'Progenie di Giuda' e introducendolo nell'ecosistema di New York. Sono passati tre anni, e quella che sembrava una conquista dell'ingegneria genetica prende vita e, al di sotto della città, comincia a minacciare gli esseri umani. Gli unici a poter fermare questa creatura sono coloro che l'hanno fatta nascere. Susan e Peter, insieme ad altri, scendono nei cunicoli sottostanti la metropolitana, in luoghi insospettati dove si agita un mondo di strane creature sotterranee. Comincia una caccia fatta di appostamenti e di attese, che però vede i due in gravi difficoltà. La creatura è in grado di riprodursi, assume altri aspetti e sembra imprendibile. La soluzione sembra quella di collegare i fili per far partire il treno della metro. Un poliziotto muore ma riesce a sparare. C'è una grande esplosione. La creatura resta schiacciata sotto il treno. L'incubo è finito. Susan e Peter si abbracciano.